Se pueden clasificar según características macroscópicas, microscópicas, su antigenicidad, metabolismo , crecimiento y genética.  Las bacterias crecen en colonias, las cuales se condicionan por las características de las mismas, las que habitan una misma colonia poseen las mismas características (color, olor, tamaño, forma, resistencia u otras especificidades) estas se pueden determinar mediante medios de cultivos adecuados. Principalmente se diferencias por el tamaño, forma, configuración (coco, espirilo, bacilo, etc.) y la tinción gram.
La tinción gram es una prueba rápida y potente que permite distinguir entre 2 clase de bacterias y basándose en ello dar un diagnóstico inicial: 
  • Purpura es positivo, debido a la tinción de violeta cristal, quien queda atrapada entre la capa gruesa de peptidoglucanos, mientras que las que no poseen se tiñen de un color rojo de la safrina, quien se emplea para realizar contraste. 
Las micobacterias y micoplasmas no se determinan con gram, las primeras porque presentan una cubierta de tipo céreo que se distingue con la tinción acido-alcohol resistencia y la segunda porque no posee cubierta de peptidoglucano.

Metabolismo 

Puede darse mediante la fermentación, respiración aeróbica o anaeróbica, en función a esto las bacterias se pueden identificar en torno a sus requerimientos, metabolicos y productos metabólicos, las bacterias capturan la energía en forma de sustancias electroquímicas utilizables, la cual se almacena en NADH y FADH2, esta energía electroquímica puede ser usada por la ATP sintasa para formar ATP, o para impulsar la actividad flagelar y de trasporte molecular a través de la membrana. 

  • La respiración anaeróbica se utilizan otros aceptores de electrones en lugar de O2 como nitrógeno o sulfato para producir ATP. 
  • La respiración aérobica puede producir hasta 38 moléculas de ATP mediante la glucólisis, ATC y mediante la cadena de transporte de electrones. 
  • La fermentación usa como sustrato el piruvato obtenido a partir de la glucólisis para producir diferentes productos y Atp.
Patogenia

Tienen la capacidad genética para invadir el organismo y colonizar dentro, ya que el cuerpo le proporciona ambiente y alimento necesario para su crecimiento, los mecanismos que realizan las bacterias para sustentas la colonia son dañinos para el huésped, muchos de los cuales son factores de virulencia.